Kobber er et grundstof, der hører til de tunge metaller. Det er et såkaldt mikronæringsstof, der er nødvendigt for planters trivsel, men som kun behøves i meget små mængder. Ligesom de andre tunge metaller indgår kobber i enzymerne, specielt i iltning- og reduk­tionsenzymerne.

Ved kobbermangel gulfarves vækst­punktet, som derpå dør. Senere kan der udvikles et overmål af sideskud, der også gulfarves og dør. Kobberman­gel ses mest på tørvejord, men var tidligere ikke almindelig, da kobber­forbindelser indgik i mange bekæmpel­sesmidler mod plantesygdomme. I dag anvendes tørvestrøelse i de fleste så­kaldte enhedsjorder, og kobberforbin­delser er ofte erstattet med organiske bekæmpelsesmidler; derfor er kobber­mangel blevet almindeligere. I tilfælde af kobbermangel tilføres' jorden 0,5- 1,0 kg kobbersulfat (blåsten) pr. 100 m².

Mens kobber er nødvendigt i små mængder, er det til gengæld meget giftigt i større mængder for både plan­ter og især svampe. Det har derfor været meget benyttet som plantebeskyttelsesmiddel (se artiklerne Blåsten og Bordeauxvæske).

Kobber anvendes desuden som fore­byggeisesmiddel mod træødelæggende svampe. Ved trykimprægnering af træ er det almindeligt at anvende en blan­ding af kobber-, krom- og arsensalte, der alle er vandopløselige. Saltene bin­des til cellulosen i træets celler, hvorfra de ikke kan udvaskes; på denne måde er træet beskyttet i 20-30 år. Der er også tilsat kobberforbindelser til de såkaldte bestrygningsmidler til overfla­debehandling af træ, Se artiklen Træ­materialer.